שאלה מצויינת! אין בידי להשיב תשובה ברורה, אך אציין כמה נקודות:

המאמר נאמר בתקנ"ד, ומאמרי תו"א הם משנות תקנ"ו עד תקע"ב.ואף שאדה"ז חזר על המאמר פעמים רבות, אולי לא נכלל בין המאמרים הנ"ל.
המאמר נכלל בתו"א דפוס לעמבערג תרי"א מהנחת המהרי"ל - כרוב המאמרים שנתוספו בדפוס ההיא.
הגהות הצ"צ על המאמר - שנדפסו אח"כ באוה"ת - כנראה נכתבו אחרי שנדפס תורה אור.
אולי המאמר לא היה תח"י הצ"צ בתקצ"ז בשעת ההדפסה הראשונה.
מאידך, אין אתנו יודע עד מה, ובפרט ע"פ מה שכ"ק אדנ"ע כינהו "א בייזע חסידות^", אולי הוא עניין בפני עצמו שלא היה שייך לתו"א.
העירני הרה"ח ר' מיכאל אהרן שי' זעליגסאן מכתבה שהתפרסמה בנושא ומצו"ב.
שוב העירני הרה"ח ר' אלי' שי' מטוסוב שהציע הסבר לזה בהערה שהופיעה בהעו"ב אה"ת גל' תתקח (מצו"ב ההערה בשלימותה), והעתקתי את הקטע השייך לנדו"ד:

מאמרי אדה"ז שלא נכנסו בתו"א

לעיל רשמנו המאמרים שנדפסו בתו"א, אך יש גם מאמרים נוספים מאדה"ז על פר' חיי"ש, שאדמו"ר הצ"צ לא הדפיסם בתו"א, ונרשום להלן גם מאמרים אלו. [גם נוסיף על כל מאמר מה שנ"ל הטעם מדוע לא הדפיסו הצ"צ בתו"א. כמובן יש בזה אפשר ענין עמוק יותר מהשגתינו בשכלנו הדל, ומה שנרשום הוא רק לענ"ד כו', ואם יש למי טעמים אחרים או כיו"ב יכתוב כ"א מה שהוא רוצה].

ד"ה ואברהם זקן

א. מאמר: ואברהם זקן, נדפס בס' מאמרי אדה"ז הקצרים עמ' שפב. זהו דרוש מתקופת ליאזני, ונרשם ע"י כ"ק אדהאמ"צ (כמ"ש במ"מ בס' מאמרים הקצרים שהוא צגוכי"ק אדהאמ"צ).

מה שלא נכנס דרוש זה בתו"א, נ"ל כי הנה דרוש זה הוא נו"א ובקיצור יותר של מאמר ד"ה וארא תקנ"ז שנדפס בס' מאמרי אדה"ז עה"ת ח"א עמ' רלח (ובהוספות שם עמ' 26). ובמ"מ בד"ה וארא שם מביא מרשימת כ"ק אדמו"ר מוהריי"צ אשר מאמר זה (הנק' דער פרומער וארא) הוא "כי"ק דודינו הרר"יל (אחי אדמו"ר) מיאנאוויטש".

וע"כ כאשר סידר אדמו"ר הצ"צ את מאמרי התו"א, והיו על דרוש אחד נוסח הקצר שרשם אדמו"ר האמצעי ונוסח הארוך שרשם המהרי"ל, לא בחר הצ"צ להדפיס את נוסח הקצר. כי אף שבמאמרי התו"א יש הן הנחות שרשם המהרי"ל והן הנחות שרשם כ"ק אדהאמ"צ, אך עיקרו של ספר התו"א הי' מיועד להנחות המהרי"ל.

הנחות מהרי"ל בתו"א

וכ"כ הצ"צ בדף השער של התו"א: "וניתנו לכתוב רוב הדרושים על ידי אחיו תלמידו הרב הגדול בישראל ירא וחרד לדבר ה' מוהר"ר יהודה ליב זצ"ל מ"מ ומ"צ דק"ק יאנאוויטש, וע"פ ציווי כ"ק אדמו"ר נ"ע כתבם כתיבה תמה ומאושרה ורובם סדרם לפני אחיו אדמו"ר נ"ע והוא הגיה אותם בכבודו ובעצמו ככתבו וכלשונו".

ועי' גם בשו"ת הצ"צ חו"מ ס"ע סק"ט, וז"ל (בנוגע לס' תו"א): "אדמו"ר נ"ע דרשותיו הי' כותב אחיו הרי"ל ז"ל והוא הי' משלם לו להפיצם בישראל לכל השומעים, ואחר הסתלקותו נ"ע לא נמצא כלל הכתבים אצל היורשים ולא נודע מהם, כ"א אחד מיוצאי חלציו [וקאי כאן על כ"ק אדהצ"צ עצמו, רק מכיון שהתשובה שם היא בנוגע לשקו"ט בהלכה בעניני ירושה, הוא כותב על עצמו בסגנון של גוף שלישי] טרח והשיגם מידי התלמידים השומעים והיו מעורבים עם עוד הרבה כתבים של כותבים אחרים כו' והוא בירר מתוכם הכתבים של הרי"ל ז"ל לפי האומדנא שלו והכרת לשונו היטב והגיהם ועשה מהם ספר להדפיס". ע"כ.

מאמר שלא הי' בשלימותו אצל הצ"צ

באמת גם ד"ה וארא תקנ"ז, שהוא מאמר נכבד מאד (ויש אודותו בשיחות רבותינו) ונמצא בגוכי"ק מהרי"ל עם הגהות בגוכי"ק אדה"ז, בכל זאת גם הוא לא נדפס בין מאמרי התו"א [בתו"א יש שני מאמרים ד"ה וארא אך הם דרושים אחרים מתקס"ב ותקס"ה ואינם זה של פר' וארא תקנ"ז]. ובזה נ"ל כי יש הוכחה ממק"א שמאמר זה לא הי' אז בשלימותו אצל אדמו"ר הצ"צ ומכיון שלא השיגו ע"כ לא הדפיסו בתו"א. ואכמ"ל כי כאן דברינו הם על דרושי פר' חיי"ש].

ד"ה ואברהם זקן, וד"ה וארא אל אברהם

ונחזור לדברינו על מאמר ואברהם זקן, שנדפס במאמרים הקצרים, שהוא נוסח אחר וקצר של הדרוש וארא תקנ"ז שנד' במאמרי אדה"ז עה"ת. [ויש להוסיף ציון זה בהמ"מ בספרים הנדפסים, כי הן בס' מאמרי אדה"ז הקצרים והן בס' מאמרי אדה"ז עה"ת, וכן בהרשימה שבסוף הכרם חב"ד ח"ד, לא צויין עדיין על הקשר שבין מאמר ואברהם זקן ומאמר וארא, שזהו אותו דרוש בב' נוסחאות א' מאדהאמ"צ וא' ממהרי"ל].

החידוש שבמאמר זה הוא שהנחת כ"ק אדהאמ"צ הוא נוסח הקצר ואילו הנחת המהרי"ל (שמתחיל בפסוק וארא) הוא הנוסח הארוך, ובד"כ הסדר הפוך שמאמרי המהרי"ל הם בנוסח קצר יותר ממאמרי אדהאמ"צ. ורק בתקופת ליאזני נמצא להיפך שהמהרי"ל האריך יותר בהנחותיו.

ואל יפלא על שזהו אותו מאמר שנאמר ע"י אדה"ז (בפ' וארא תקנ"ז), ונרשם בשתי התחלות שונות, שבהנחת אדהאמ"צ הוא עה"פ "ואברהם זקן" ובהנחת המהרי"ל מתחיל "וארא אל אברהם". כי נמצא כן כמה פעמים ואכ"מ.